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浩瀚宇宙,行星围绕着恒星转动,或多或少的卫星又围绕着行星沿着轨道运行,犹如一群忠诚的卫兵护卫着自己的主人。
小细胞,大宇宙
如果将真核生物的细胞比作一个微小宇宙的话,呈现双螺旋的DNA或许可以算是太阳系。编码蛋白质(酶)的结构基因只占很少的一部分(10%~20%),这些片段犹如水金地火木土这样的行星。而DNA的绝大部分是重复序列,就像各种卫星一样围绕着这些结构基因。
根据重复序列在基因组中的分布形式可将其分为串联重复序列(Tandem Repeats Sequence,TRS)和散布重复序列(Dispersed Repeats Sequence,DRS)。后者散在分布于基因组中。而串联重复序列则犹如一串串撸串一样成串排列,特别之处是重复单位还首位相连。串联重复序列主要有两类:一类是由功能基因组成的(如rRNA和组蛋白基因);另一类是由无功能的序列组成的。
卫星DNA、小卫星DNA、微卫星DNA是串联重复序列的三种类型,区别在于重复单位的长度。
卫星序列经常聚集成丛,总长度可达100000kb,拷贝数在生物群体内变化很小。卫星序列位于染色体的异染色质区,如着丝粒、端粒附近及Y染色体等。据推测可能与细胞***时染色体的运动及基因组的稳定性有关。
80年代初期,小卫星序列被发现。它们的重复单位一般在15bp范围内,拷贝数在群体内存在非常大的变异。与卫星序列不同,小卫星序列分布于常染色质区。工具是探针,***的如Jeffrey s33. 15 探针。由于所得到的杂交图谱如指纹一样具有极强的个体特异性,因而被称为“DNA指纹分析”,检测方法相应地被称为“DNA指纹技术”。这在当年也是相当的红火,可用于亲子鉴定及犯罪嫌疑人的认定,以及野生动物或多头公畜配一头母畜所产后代的父权确定,等等。
到了90年代,又发现了重复单位仅2-5bp,一般为1-6个碱基重复,多位于基因非编码区以及染色体的近端粒区的短串联重复序列——微卫星序列,又叫简单重复序列(Simple Sequence Repeat,SSR)。据估计,人基因组中至少存在35000个微卫星位点。微卫星是真核生物基因组重复系列中的主要组成部分之一,它均匀遍布于基因组中,以孟德尔方式遗传呈共显性,在维持基因组稳定和调控基因表达中发挥重要作用。
微卫星的拷贝数在个体间高度变异,因而具有高度多态性,已成为真核生物基因组作图中不可缺少的分子遗传标记。主要应用有基因作图和遗传病研究,如脆性X综合征、亨廷顿式舞蹈症等。而微卫星不稳定(MSI),与肿瘤的发生密切相关,是肿瘤学中一种新兴的可行性表型,通过它可以观察到肿瘤对免疫检查点途径免疫疗法的反应。
修复MSI的MMR失灵了
微卫星不稳定性(microsatellite instability,MSI),表现为同一微卫星位点在不同个体之间的差异,或者同一个体的正常组织与某些异常组织之间重复单位的差异。这是DNA复制及损伤过程中出现的碱基错配、未配或多配。对于细胞复杂的生命活动,这难以完全避免。
为了防止MSI,机体自然进化出了一套对抗系统,能修复DNA错误——DNA错配修复(mismatch repair,MMR),它由一系列特异性修复DNA碱基错配的酶(由错配修复基因编码)组成,能够查出MSI并进行修复,保证复制的精确性。
如果MMR修复机制出现故障(deficient mismatch repair,dMMR),参与MMR修复基因发生了突变,MMR修复能力下降或缺失,个体自发突变率将明显增加。这进而导致MSI和整个基因组的不稳定性,***终造成细胞增殖分化异常和肿瘤的发生。比如Lynch(林奇)综合症,这是一种可遗传的大肠癌。
MSI,肿瘤早筛与预后预测
通过MSI检测,可以评价MMR系统功能。分为微卫星高度不稳定型(MSI-H)、微卫星低度不稳定型(MSI-L)和微卫星稳定型(MSS)。
临床研究显示,Ⅱ期MSI-H结直肠癌患者预后较好,5年生存率明显高于MSI-L/MSS,但不能从5-FU类药物化疗中获益。
Lynch综合征,也称遗传性非息肉病性结直肠癌(HNPCC),占全部结直肠癌的5%-10%,是一种常染色体显性遗传病,有高达约80%的患结直肠癌癌概率,同时具有较高的子宫内膜癌、胃癌等患病风险。该病是由MMR基因胚系突变所致,超过90%的Lynch综合征具有MSI特征,而散发性结直肠癌中只有约15%,因此临床上可用MSI检测来进行Lynch综合征的筛查。
NCCN指南推荐,所有结直肠癌患者,不论类型,均需考虑做MSI或MMR检测。
2015 ASCO发布的临床试验数据显示,MSI-H患者可从PD-1治疗中获益,而MSI-L/MSS患者没有表现出明显的缓解。2017版NCCN指南推荐PD-1单抗Pembrolizumab和Nivolumab用于MSI-H/dMMR转移性结直肠癌患者的末线治疗。
2017年5月,Pembrolizumab获FDA批准用于治疗MSI-H/dMMR的实体瘤患者。这是FDA***不依照癌种而是依照生物标志物核批的抗肿瘤疗法。因此,所有考虑接受PD-1免疫治疗的实体瘤患者都应进行MSI检测,以预估疗效。
优缺点
目前MSI标记技术已广泛用于遗传图谱的构建、目标基因的标定、指纹图的绘制等研究中,势头越来越火。
优点:
①数量丰富,覆盖整个基因组,揭示的多态性高;
②具有多等位基因的特性,提供的信息量高;
③以孟德尔方式遗传,呈共显性;
④每个位点由设计的引物顺序决定,便于不同的实验室相互交流合作开发引物。
缺点:
MSI标记的建立首先要对微卫星侧翼序列进行克隆、测序、人工设计合成引物以及标记的定位、作图等基础性研究,因而其开发费用相当高,尚未实现低成本,高准确度及可跨癌症类型通用化。各个实验室必须进行合作才能开发更多的标记。
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