日前，一个国际研究小组利用2013年至2016年间西非埃博拉疫情的病毒基因组数据库，揭示了加速或减缓疫情传播的因素，并呼吁使用实时测序和数据共享来控制今后病毒性疾病的爆发。

该研究结果发表在《Nature》上，分析发现，此次埃博拉疫情的爆发呈小而重叠的趋势，且很少有感染者旅行到其他地方引发新的疫情。Fred Hutchinson癌症研究中心的计算生物学家Dr. Gytis Dudas说，“我们计算出3.6%的病例出行，这意味着，如果我们能够***关注这些病例并减少他们的流动性，可能会对疫情产生意想不到的影响。”

西非埃博拉疫情比以前所有中非的疫情都严重，感染者超过2.8万人，其中超过1.1万人死亡。

此次研究者分析了1610个埃博拉病毒基因组，占已知病例的5%以上，是单一人类流行病分析中的***大样本。而且该研究***在三个受影响***大的国家（几内亚、塞拉利昂和利比里亚）研究了埃博拉病毒的传播、增殖和衰退方式。以往的研究只对较少的基因组序列进行分析，或者主要关注单个国家或特定时间段的疫情。

该研究的作者包括来自16个国家53个机构的93名科学家，包括采集血样的临床医生、进行基因组测序的研究人员和构建数据库的分析人员。文章***作者Dudas和通讯作者、爱丁堡大学进化生物学研究所的Dr. Andrew Rambaut参与了其中大量分析。

这项研究的目的是，提供一种框架来预测未来埃博拉病毒或其他人类病原体的爆发，并指导相应的应对措施。

新研究评估了25个可能影响西非埃博拉疫情蔓延和持续时间的因素。它证实了一个普遍观点，即与发生在偏远、人烟***地区的中非疫情相比，城市在西非疫情严重性方面发挥了重要作用。

城市之间的距离也发挥了作用，城市间距离越短，受感染者越可能旅行到该城市并传播疫情。

其他变量，例如共同语言、经济产出以及气候，没有与疫情的加速或减缓呈现出显著的相关性。

另外，边境关闭日期与病毒流动减少之间具有相关性。一旦边境关闭，病毒的流动主要发生在国家内部，而不会在国家间传播。

在以前的基因组分析中，科学家将此次西非埃博拉疫情的起源追溯到2013年12月。但直到2014年3月，医院工作人员才检测并报道这种传染病的死亡率异常高。到3月底时，它被确定为埃博拉。

蝙蝠被怀疑是埃博拉病毒的宿主，但是并没有得到证实。埃博拉病毒被传播给人类后通过直接接触在人与人之间传播。

Fred Hutch的进化生物学家Dr. Trevor Bedford表示，对一小部分感染者进行病毒基因组测序并比较其突变模式，可以为研究人员提供有价值的信息，比如疫情的规模、疫情传播的时间，以及传播链起止的位置。

这些信息中的一些可以通过上门拜访等传统方式获得。但在西非等公共卫生资源和基础设施不足的地区，实时基因组测序和分析可以告诉卫生人员从哪里开始追踪疫情接触者等信息，从而加速对疫情的应答。

基因组测序还可以提供从其他方法中不能获取的信息。例如早些时候，基因组测序证实，塞拉利昂和利比里亚的埃博拉病毒来源于几内亚，而不是来自自然宿主。

另外，将基因组测序信息与人口规模、旅行距离、地理和语言等因素相结合，可以为哪些因素影响疫情的传播和持续时间，以及从哪些方面进行治疗和干预提供依据。

与其他传染病疫情相比，病毒基因组分析在西非埃博拉疫情研究中的作用更大，原因有两个：一是基因组测序技术的进步，下一代测序极大地降低了样本制备和测序的成本和时间，使得整个病毒基因组的测序更简单。另外一点是科学家们非常愿意进行数据共享。科学家们在疫情早期就共享了他们从患者那里收集到的病毒基因组信息，而不是等到文章发表后才提供这些信息。

Dudas说，“这项研究中所有的测序基本上都是实时完成的，然后这些测序的分析结果被用于决策中。这是一种了解什么是流行病的新手段。”