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过去，人们认为药物代谢只由肝脏等器官进行。然而，近年来的研究表明，肠道微生物对药物作用会产生差异影响。肠道微生物组数量庞大，包含的基因数目比人体自身基因组多150倍，具备人体自身不具备的代谢功能，但其背后机制尚不明确。
为了解答这一问题，由Andrew Goodman教授带领的耶鲁大学的研究团队通过小鼠模型和高通量测序以及质谱手段调查了76种人体肠道细菌对271种口服药物的代谢能力。
https://doi.org/10.1038/s41586-019-1291-3
研究结果显示，近2/3（即176种）的药物会被至少1种菌株代谢。这些菌株可以直接影响小鼠的肠道及系统药物代谢。随后，研究人员通过高通量及质谱系统鉴定了药物代谢微生物基因产物。这些基因产物，即微生物组编码酶， 可以显著地直接响影小鼠的肠道和全身药物代谢。 根据它们的基因组，可以进一步解释人类肠道细菌和群落的药物代谢活性。
研究小组发现，健康人群中这些基因的数量存在很大差异。在某些情况下，这些差异解释了为什么有些人的肠道菌群能快速代谢药物，而另一些人对同一种药物的反应很慢或根本没有。
这项研究为理解微生物对药物代谢提供了重要的支持，这些方法可以揭示肠道微生物群如何调节我们对非药物化合物的反应，比如饮食营养和环境因素。
