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解决遗传病基因检测结果未明,30余位临床/产业专家分享

作者: 发布时间:2018-02-05 浏览次数:1709
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一.遗传检测的严肃性及深圳会议共识

1. 黄尚志老师(中国医学科学院北京协和医学院博士生导师、WHO遗传病社区控制合作中心主任)

谈到临床遗传检测是非常重要的,并从三方面强调了临床遗传检测的严肃性:

1)意义严肃性:遗传检测涉及临床病例监测、产前筛查与诊断、其意义远超“商业”,关乎生死、生育、***等;

2)服务委托的严肃性:“合适”***重要;

3)报告解读和咨询的严肃性。

黄老师提到了2017年10月28日由黄尚志老师倡导,华大基因学院、基因慧、WHO遗传病社区控制合作中心在深圳联合主办的首届“临床基因检测标准与规范专题研讨会”,与会的遗传学专家、临床专家及第三方检测机构代表达成的“临床基因检测报告规范与基因检测行业共识”即将发表。其中谈到:

1)基因检测报告应该需要具备哪些内容;

2)报告应该如何解读;

3)报告及数据等应该以什么方式发放等问题。(基因慧平台后续将跟进报道)

二.基因检测报告的结果如何建立再分析流程

2. 王小冬(赛福基因遗传解读技术总监)

从报告中提出数据需要再分析的条件:1)医生、患者主动提出要求;2)发现致病机理机制、关联新基因;3)定期分批量、分季度回顾;4)数据库更新,比如OMIM/HGMD以及其它数据库。

3. 吴士文(武警总医院神经内科主任医师)

表示作为一名临床大夫:在疾病方面有两个问题:1)找不到致病基因;2)不确定找到的基因是否是致病基因。如果医生高度怀疑某个基因是致病基因,需要通过改变实验方法补充和改善。如果不认识这个基因,则需要大量的文献阅读及分析。

4. 黄辉 (华大基因遗传咨询&遗传病产品总监)

介绍了疑难遗传病诊断联盟的工作进展。***批发布的四个疑难病例,15家联盟机构 (个人) 申请并获得测序数据,其中3家机构 (个人) 反馈了分析结果,3个病例找到了疑似的致病位点,华大基因正在对反馈结果进行分析验证。

(基因慧注:2012年NIH组建了未确诊疾病联盟(UDN),2015年国际未确诊疾病联盟 (UDNI) 成立,2016年复旦大学附属儿科医院参照UDN标准建立复旦大学儿科诊断不明疾病诊治中心(UDP)。这些形式的联盟和中心从跨界、MDT、多技术综合的角度集中专家资源解决疑难疾病,从科研和临床上具有双重意义。)

5. 黄颐(明码生物医学遗传***研究员)

认为数据再分析***重要的因素是发起人;受检者如果是新生儿,临床表现可能并不是***新表型,可能随着时间推移,疾病的表型不是***初的。

三.临床医生与检测机构如何更好地连接

6. 顾大夫(顾卫红教授,中文人类表型标准用语联盟(CHPO)总协调人、中日友好医院神经内科运动障碍与神经遗传病研究中心负责人)

从表型标准化和智能录入谈到基因型和表型数据的连接,需要找到共同语言连接临床基因检测和第三方检测机构,特别介绍了中文人类表型标准用语联盟CHPO的搜索引擎:提供人类疾病中用于描述表型异常的标准词汇,成为医生、检测机构与各种医学和生物信息数据库的接口,整合表型与基因数据为人类疾病研究提供帮助。

7. 孟岩(解放军总医院小儿内科副主任医师)

从一个临床医生角度分析:遗传病和疾病表型特别复杂。作为临床医生需要懂疾病的表型特异性,基因有没有假基因;有目的地请检测机构分析。作为第三方检测机构,应通过质量控制、技术参数降低漏检率,明确检测技术和方案的检测范围,提高panel(基因包)的效率。

8. 王朝东(北京宣武医院神经内科主任医师)

提出对临床解读的三个问题:流程、理解、连接。流程包括该不该做,怎么做基因检测,由临床引导检测;理解包括不仅要强调阳性率,还要强调特异性,基因检测要协助疾病诊断。连接包括表型基因型连接,知识连接,从业者连接,***重要的还是功能的连接。

四.如何基于更完善的数据库进行分析?

9. 刘长胜(北京卫吉尔生物科技有限公司创始人兼CEO)

提出疾病数据库中,变异在疾病样本中的分布以及变异在民族中的分布。也分享了中华人群基因突变数据库CNGMD积累近万例的临床基因检测样本,谋求和同仁合作,推动中国人的基因组数据库建设。

10. 赵屹(北京中科晶云董事长)

基因检测核心问题是数据库的问题,中华民族和东亚人群数据太少,特别是表型数据库忽略了标准化以及共享。

11. 张占辉 (北京金准基因科技有限公司技术总监)

建议在建设数据库时需评估数据真实性,本地化的数据半年或每年更新。

12. 陈白雪(金域医学检验中心临床基因组中心基因诊断应用专家)

强调了除了数据库之外,还有一个更大的库,就是临床和遗传学家的大脑——知识库,需要充分应用、共享知识库。

五.临床表型数据和基因数据的管理和共享

13. 王乐珩(GeneDock CTO)

谈到,整合临床数据基因数据的精准医疗数据平台,有效地将组学数据与临床数据整合,辅助临床决策,形成完整的数据生产线、信息共享和安全控制的平台。

14. 郝向稳(基云惠康创始人&CEO)

分享到,医生、患者、第三方检测机构在基因检测中的角色定位很重要。共享是一种生产关系,需要建立合理的模式让数据共享成为现实。

15. 谷为岳 (北京智因东方转化医学研究中心创始人&CEO)

谈到数据质控是数据共享的前提; ACMG是变异评级指南,不是遗传病诊断指南。

16. 余乐(神州医疗精准医疗部总经理)

强调了数据共享需以患者为中心以一定的标准进行,术语和知识库是系统底层。

六.临床表型数据和基因数据的管理和共享

17. 王静敏(北京大学***医院儿科主任医师)

详细分享了医生、患者、检测机构三者紧密合作确诊智力障碍的一个家系的案例。

18. 何玺玉(北京307医院儿科主任医师)

提到一个重要问题,基因检测机构的质控以及和医生之间的沟通很重要,特别地是不能在报告上写“结合临床”后就把一些问题推给医生。

19. 王朝霞(北大医院神经内科主任医师)

提倡要以临床为导向;提高临床诊断能力,因为检测方法都有局限性;基因检测给临床医生起到辅助作用。

20. 赵秀丽(中国医学科学院基础医学研究所教授)

从实验室的角度分析,检测机构需要结合临床医生给的标准、信息以及疾病的表型去检测,从而起到一个连接作用。

七.基因组图谱等基因技术的联合应用

21. 曹涵(Bionano创始人及***科学家)

提出想要解决结构变异和漏掉一些短测序等问题,需要精准的基因组测序,介绍Bionano高通量下一代单分子基因组图谱技术及其检测***段结构变异以及大基因组组装的优势。

22. 闫丽盈 (北医三院生殖中心研究员)

表示需要多种技术联合:Sanger+二代测序+连锁分析,单样本、家系样本等多样本联合验证,小Panel无法检测其他基因和CNV;低覆盖度的WGS无法检测嵌合病和SV。

23. 周家蓬(北京希望组***技术官)

介绍了三代测序技术在面肩肱肌营养不良基因检测中的应用,提到各个检测技术的互补性。

24. 张翼(北京优乐复生创始人&CTO)

表示根据疾病需求选择不同技术,表型数据的可信度、检测技术的标准仍需解决。

25. 张巍(广州嘉检医学检验有限公司创始人&医学主任)

表示从基因到疾病之间更多的Gap,病理,蛋白小分子,代谢等需要得到更多的关注。

八.其他议题

26. 王玉平(北京宣武医院神经内科主任医师):基因检测标准化和规范化势在必行。

27. 黄昱(北京大学医学部医学遗传系讲师):从基因到表型,需要考虑更***的数据,如小分子、蛋白、代谢、病理等。

28. 马祎楠(北大医院中心实验室副研究员):对基因变异的评价及数据再分析是第三方检测机构的重要任务。

29. 李佳慧(中国医学科学院基础医学研究所教授):当疾病结果未明时需三方设计、会诊和讨论,让数据库更加标准化。

30. 梁培泉(北京诺禾致源遗传检测事业部副总经理):第三方检测机构需回归临床的基本需求,即对样本的快速、有效的检测和分析。

31. 熊晖(北大医院小儿神经内科主任医师):临床医生对数据采集、整理、分析至关重要,谈到跨界学习的重要性。

32. 罗海涛(测序中国联合创始人&CEO):基因检测报告关乎患者性命。建立医生与检测机构的信任度非常重要。

33. 汪亮(基因慧创始人&执行董事):实现共享共建,一方面需要医院、医生和第三方检测机构相互跨界学习,减少Gap;另一方面需要热心且***的连接机构和平台。

34. 田立新(医脉通创始人):从跨界角度感受到基因检测的广阔前景,辅助临床医生的决策和精准医学实现。

编后记顾大夫从临床医生角度做行业连接者,十余年如一日,与时俱进更新技术和理念,在临床和科研一线工作之余做了一系列患者教育、公益和行业平台建设,是医生群体的榜样。大咖面前,编后记里分享三句话:1)少谈主义和概念,多研究和解决具体问题。2)从愿景到落地,实施之前需要了解,生物信息需要到病房感受代码关联到呼吸,临床医生需要学会信息化工具,跨界将成为常态3)连接是苦活,也是伟大的。连接除了公正,需要***和效率,更需要回归人性。基因慧愿俯身做桥,从中立的咨询机构角度进行价值连接,建立数据决策平台,服务专家和机构。

遗传基因研究是一项长期性的大工作量项目,大量的核酸提取纯化检测实验是基础性的工作内容。这很需要现代化高通量自动化的生物技术手段来辅助实现。磁珠法核酸提取纯化技术为这一课题带来了帮助。从重复性基础性的核酸提取试验中解放更多的科研人员,为项目推进带来了长足的发展。

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