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科学家们开发了一种称为纳米速率测序(nanorate sequencing,简称NanoSeq)的新方法,能够以***的准确性,***实现对任意人体组织中发生的基因突变进行研究。
利用新技术的分析结果挑战了“细胞***是驱动突变发生的主要机制”的传统观点。研究机构的新闻指出,“新的测序方法代表着癌症、衰老等领域的研究获得巨大进步”。
NanoSeq的一大特点是可以在不***的细胞中检测新发生的突变。人体组织由***的细胞和不***的细胞组成。例如干细胞,不断***保持自我更新,提供不再***的细胞维持机体运转。但大多数细胞并不***或很少***,比如血液中新生成的大量粒细胞,或是大脑中几乎与我们相伴终生的神经元。
随着年龄增长,细胞内不断发生基因变化,据估计平均每年获得15~40个突变。大部分突变无害,但也有些突变可以使细胞从此走上癌变的道路。“体细胞突变驱动癌症的发展,并可能导致衰老和其他疾病。”研究人员在论文中指出,“尽管十分重要,但要检测到仅存于单个细胞或几个细胞中的突变十分困难。”
此次研究中,科研团队花费数年时间改进了2012年问世的双重测序(duplex sequence)方法,包括使用更特异的酶更准确地切割DNA,并改进了对测序数据的生物信息学分析方法,***终将错误率降低到每10亿对碱基中错误少于5个。
负责开发这项方法的Robert Osborne博士指出,单细胞测序的准确度提高使科学家们***实现了对任意人体组织的DNA变化进行研究。
研究团队用NanoSeq检测了血液、大脑、肌肉、结肠等在内的多种组织样本,并比较了干细胞和非***细胞中的突变速率和突变模式。
分析结果得到了出人意料的发现:对大量血细胞的分析显示,***速度较慢的造血干细胞与***频率更高的多能祖细胞具有相似的突变数量;不进行细胞***的神经元、极少***的肌肉细胞均以恒定的速率累积突变,并且速率与有丝***活跃的组织相似。这些结果意味着,细胞***与体细胞突变的关系不同于过去的认识。
“通常认为,细胞***是发生体细胞突变的主要因素,***次数越多,产生的突变越多。但是我们的分析发现,比其他细胞***多很多倍的血细胞和其他细胞有相同的突变率和突变模式。这改变了我们对突变发生的认识,暗示在细胞***外,还有其他关键的生物学机制驱动突变发生。” 论文***作者Federico Abascal博士说。
除了更准确地检测单个DNA分子中的突变,NanoSeq方法另一个值得一提的优势是可以相对轻松地收集样品,利用刮擦皮肤、咽拭子等方式收集细胞进行检测,因此更容易实现更大规模的研究。
研究人员指出,新方法能够在各种细胞中观察突变,也将使大规模研究体细胞突变更容易、更简便、更经济,不必再被局限于少数患者的少数活组织检查,因此他们相信NanoSeq将为研究癌症和衰老开辟新的途径。
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