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原发癌和转移癌全基因组研究数据发布,揭示二者基因差异

作者: 发布时间:2023-11-29 浏览次数:290
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相较原发癌,转移癌普遍侵袭性更强、更耐药也更致命,那么为何转移癌能够获得如此超凡能力?《自然》杂志刊登了一篇论文,对7108个原发癌和转移癌肿瘤样本进行了泛癌全基因组分析,发现转移癌通常瘤内异质性较低、核型保守,虽然结构变异频率升高,但总体突变仅略有增加。此外,能够观察到癌种特异的和治疗特异的突变轨迹。

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论文题图

这项研究数据来自Hartwig数据集和PCAWG联盟的两个未匹配队列,使用全基因组测序数据分析对比了单碱基替换(SBS)、双碱基替换(DBS)、插入缺失(ID)、结构变异(SV)的数量。

研究***关注了来自14个组织的23个癌种。各癌种转移癌患者平均较原发癌患者大1.67岁,但前列腺癌、甲状腺癌和弥漫性大B细胞淋巴瘤三个癌种年龄差距较大;除甲状腺癌外,其他癌种患者性别分布相当。

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分析样本基本情况

比较23个癌种原发癌与转移癌的基因组差异,研究者发现,转移癌的克隆性有所增加,从13.6%到37.2%不等,这与之前转移癌瘤内异质性较低的观点是一致的,可以由原发癌单个亚克隆的播种事件和抗癌疗法带来的进化***解释。

此外,染色体臂非整倍体谱分析也表现出了保守的核型,仅有肾透明细胞癌、前列腺癌和甲状腺癌在原发和转移瘤中表现出了实质性的变化。这三个癌种也表现出基因组不稳定性指标的持续增加。

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染色体臂非整倍体分析

将SBS、DBS、ID统一作为肿瘤突变负荷(TMB)进行分析,研究者发现,对比原位癌和转移癌,23个癌种中有15种TMB没有增加,这说明TMB不一定代表肿瘤进展。

进一步分析TMB来源,研究者发现,可归因于细胞毒性治疗的突变显著富集,其中铂类化疗表现出了***强的诱变作用,此外放疗、5-氟尿嘧啶、化学处理产生的多环芳烃代谢物也表现出了依据癌种特异的诱变作用。

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